Mục tiêu của Đề án là nghiên cứu tạo ra các công nghệ sinh học (CNSH) tiên tiến ở trong nước, kết hợp với việc nhập khẩu các CNSH hiện đại của nước ngoài, ứng dụng rộng rãi và có hiệu quả các công nghệ này trong công nghiệp chế biến (CNCB) thực phẩm, sản xuất hàng tiêu dùng nhằm nâng cao chất lượng và sức cạnh tranh của các sản phẩm chế biến, phục vụ tốt nhu cầu tiêu dùng trong nước và XK. Sau thời gian thực hiện Đề án, theo đánh giá, hầu hết các kết quả nghiên cứu của các đề tài/dự án sản xuất thử nghiệm đã được ứng dụng và chuyển giao vào thực tiễn sản xuất tại doanh nghiệp, được Hội đồng nghiệm thu và các doanh nghiệp đánh giá cao về khả năng ứng dụng của công nghệ, chất lượng và hiệu quả kinh tế của sản phẩm. Có khoảng 80% tổng số các dự án sản xuất thử nghiệm triển khai trong giai đoạn 2007-2015 là từ kết quả thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu và phát triển của Đề án. Trong giai đoạn 2007-2015, hiệu quả kinh tế thu được từ việc nghiên cứu và triển khai ứng dụng vào thực tiễn sản xuất đạt trung bình khoảng 15% tổng số giá trị gia tăng của công nghiệp chế biến.

Trong thời gian qua, đã có khá nhiều đề tài được nghiên cứu và ứng dụng thành công trong thực tiễn sản xuất, mang lại hiệu quả kinh tế cao như đề tài nghiên cứu sản xuất một số sản phẩm chức năng từ đậu tương do Viện Công nghiệp thực phẩm chủ trì. Các sản phẩm của đề tài đã được áp dụng vào thực tiễn sản xuất và thương mại tại các DN, đem lại lợi nhuận cao do có tính cạnh tranh với hàng hóa cùng loại NK. Đề tài nghiên cứu công nghệ sản xuất thức ăn nuôi cá chình từ enzym và một số loại nguyên liệu có sẵn tại Việt Nam do Viện Nghiên cứu và Nuôi trồng thủy sản III chủ trì, được ứng dụng thành công tại Công ty Nuôi trồng thủy sản Vạn Xuân, đem lại lợi nhuận khoảng 5 tỷ đồng/năm...

Theo TS. Nguyễn Phú Cường, Vụ trưởng Vụ Khoa học công nghệ, Bộ Công Thương, bên cạnh những kết quả đạt được, việc ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực công nghiệp chế biến vẫn còn một số hạn chế, khó khăn. Cụ thể, vẫn còn một số nhiệm vụ trong đề án chưa triển khai hoặc triển khai chưa đạt hiệu quả mong muốn, còn thiếu các đề tài nghiên cứu, các dự án sản xuất thử nghiệm về sản xuất hệ thống các thiết bị đồng bộ phục vụ nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao công nghệ, chưa triển khai các dự án đầu tư sản xuất các chế phẩm vi sinh vật, sản xuất enzyme-protein phục vụ nhu cầu sản xuất và phát triển của công nghiệp chế biến tại Việt Nam... Bên cạnh đó, lĩnh vực đào tạo và phát triển nguồn nhân lực cho công nghệ sinh học còn khiêm tốn, bởi sau 8 năm mới chỉ đào tạo tại Việt Nam được 3 tiến sỹ, 3 nghiên cứu sinh, 31 thạc sĩ và trên 30 kỹ sư, cử nhân... Con số này mới chỉ đạt khoảng 10% so với mục tiêu đề ra của Đề án. Ngoài ra, việc xây dựng các phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ enzyme và protein dành cho các tỉnh phía Nam cũng chưa thực hiện được.

Khó khăn của việc thực hiện đề án còn đến từ phía các DN. Theo đại diện Bộ Công Thương, các DN hoạt động trong lĩnh vực công nghệ sinh học (trừ các DN FDI) chưa có đủ các điều kiện về cơ sở vật chất, trang thiết bị, nhân lực và đặc biệt là tài chính để tiếp cận công nghệ sinh học nên chưa mạnh dạn đầu tư mới hoặc nâng cấp cơ sở vật chất hiện có để tiếp cận, tiếp nhận chuyển giao kết quả nghiên cứu tại DN. Điều này đã hạn chế việc đẩy nhanh các kết quả nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất và kinh doanh, dẫn đến chưa đạt được hiệu quả mong muốn. Bên cạnh đó, nhiều địa phương do điều kiện cơ sở vật chất hạn chế, thiếu nguồn nhân lực về công nghệ sinh học, tài chính, khả năng tổ chức sản xuất và kinh doanh nên chưa chủ động tiếp cận, tổ chức nghiên cứu, triển khai các nhiệm vụ đề án theo nhu cầu phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực công nghiệp chế biến tại địa phương.

Liên quan đến những khó khăn, hạn chế của việc ứng dụng công nghệ sinh học trong công nghiệp chế biến, đại diện Bộ Khoa học và Công nghệ cho rằng, số lượng đề tài tập trung vấn đề lớn về giải quyết năng suất, chất lượng sản phẩm chế biến đối với ngành hàng nông sản, thực phẩm chủ lực của Việt Nam vẫn chưa nhiều. Nhiệm vụ hình thành ngành công nghiệp sinh học để thúc đẩy công nghiệp chế biến chưa được triển khai nhiều và chưa đạt hiệu quả mong muốn.

Theo các chuyên gia, Việt Nam là nước có nhiều sản phẩm nông sản chủ lực, vì thế, trong thời gian tới, trong lĩnh vực công nghiệp chế biến nông sản, cần thúc đẩy mạnh mẽ việc hình thành và phát triển ngành công nghiệp sinh học nông nghiệp ở quy mô công nghiệp, có chất lượng và sức cạnh tranh cao trên thị trường, phục vụ tốt cho tiêu dùng và XK. Đồng thời cần thúc đẩy mạnh việc thành lập các DN và có cơ chế chính sách ưu đãi đối với khuyến khích đối với DN đầu tư vào lĩnh vực công nghệ sinh học nông nghiệp.

Về vấn đề này, PGS. TS Lê Đức Mạnh, Viện trưởng Viện Công nghiệp thực phẩm cho rằng, thời gian tới, việc ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực công nghiệp chế biến đòi hỏi phải hiệu quả và mạnh mẽ hơn. Về chủ trương, ông cho rằng Bộ Khoa học và Công nghệ và các cơ quan liên quan cần tham mưu để đề nghị ban hành nghị quyết về ứng dụng công nghệ sinh học trong phát triển kinh tế trong những năm sắp tới, theo đó tập trung đẩy mạnh đầu tư phát triển ứng dụng công nghệ sinh học trong ngành thực phẩm, y dược, bảo vệ môi trường. Ông cũng cho rằng, đầu tư công nghệ sinh học đòi hỏi nguồn vốn lớn, rủi ro cao, do đó đã đầu tư phải đầu tư đến nơi đến chốn. Bên cạnh đó, cơ chế tài chính áp dụng đối với các nhiệm vụ khoa học công nghệ còn nhiều vướng mắc, đây cũng là nguyên nhân dẫn đến việc chưa tạo được động lực cho các nhà khoa học có trình độ cao và đặc biệt là các chuyên gia quốc tế cùng tham gia nghiên cứu, chuyển giao các tiến bộ khoa học.

Theo ông Mạnh, nhìn chung, thời gian qua Bộ Khoa học và Công nghệ đã tích cực ban hành quy định mới về quản lý nhà nước nhưng các quy định này chưa có tác dụng tích cực, bởi các nhà quản lý muốn an toàn cho mình nhưng lại đẩy khó khăn về phía các nhà khoa học. Vì vậy, ông Mạnh đề nghị cơ quan quản lý nhà nước cần đổi mới quy định về chuyển giao công nghệ, bản quyền tác giả, cơ chế tài chính... theo hướng thông thoáng và đồng bộ, nhất là những quy định trong quản lý tài chính.

Thứ trưởng Bộ Công Thương Cao Quốc Hưng cho rằng, giai đoạn 2016-2020 cần tăng cường hơn nữa sự phối hợp có hiệu quả giữa các cơ quan quản lý, các bộ, ngành để tiếp tục đẩy mạnh việc ứng dụng các công nghệ sinh học hiện đại trong lĩnh vực công nghiệp chế biến, đồng thời tiếp cận, làm chủ, phát triển nhanh và bền vững công nghệ sinh học hiện đại để tạo ra các chủng vi sinh vật mới có chất lượng tốt, phục vụ lĩnh vực công nghiệp chế biến, tạo lập thị trường thuận lợi để thúc đẩy sản xuất.