Đặc biệt, trong khuôn khổ Đề án phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực công nghiệp chế biến đến năm 2020 do Bộ Công Thương chủ trì, Viện đã được giao thực hiện sáu đề tài, dự án sản xuất thử nghiệm, qua đó đã tạo ra một số sản phẩm giá trị gia tăng tốt, đa dạng hóa sản phẩm dựa trên việc tận dụng các ngành hàng hải sản chủ lực. TS. Nguyễn Viết Nghĩa - Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu Hải sản chia sẻ: "Cả 6/6 nhiệm vụ mà Viện chủ trì thực hiện đều được ứng dụng và chuyển giao, được các doanh nghiệp đánh giá cao về công nghệ, chất lượng và hiệu quả kinh tế của sản phẩm". 

Chẳng hạn như trong ngành sản xuất nước mắm, Viện đã phát triển thành công công nghệ sinh hương nước mắm nhờ ứng dụng chế phẩm vi sinh vật. Công nghệ đã giúp khắc phục được những hạn chế của công nghệ truyền thống, chủ động kiểm soát và nâng cao chất lượng nước mắm. Cụ thể, nhờ ứng dụng công nghệ sinh hương nước mắm, thời gian sản xuất được rút ngắn 30%, từ 15-18 tháng xuống còn 10-12 tháng trong khi chất lượng mùi, màu, vị và độ an toàn của nước mắm cũng được nâng cao. Nhờ đó, thời gian quay vòng vốn, chi phí sản xuất và khấu hao, chi phí môi trường cũng giảm xuống do nguyên liệu được xử lý triệt để ngay từ công đoạn đầu của quá trình chế biến.

Theo TS. Trần Viết Nghĩa, công nghệ này đã được cấp bằng độc quyền giải pháp hữu ích năm 2019 và ứng dụng khá thành công tại một số cơ sở sản xuất như Công ty Cổ phần Chế biến, Dịch vụ Thủy sản Cát Hải và Công ty Cổ phần Chế biến Hải sản Nam Định (thương hiệu nước mắm Ninh Cơ).

Trong khi đó, với dự án "Phát triển và hoàn thiện công nghệ sản xuất các sản phẩm giá trị gia tăng từ hàu", Viện Nghiên cứu Hải sản đã sử dụng nguồn nguyên liệu hàu sẵn có trong nước tạo ra sản phẩm thực phẩm có giá trị dinh dưỡng và giá trị sinh học cao. Các sản phẩm cụ thể từ dự án bao gồm: hàu xông khói, dầu hàu, nước uống từ hàu, rượu hàu, … có chất lượng và giá thành rất cạnh tranh so với sản phẩm nhập ngoại cùng loại.

Không chỉ góp phần đa dạng hóa sản phẩm từ hàu, tạo ra các sản phẩm có giá trị gia tăng cao, dự án còn giúp hạn chế được vấn đề rác thải và ô nhiễm môi trường trong chế biến nhờ ứng dụng công nghệ xử lý vỏ hàu. Được biết, công nghệ đã được triển khai áp dụng rất thành công tại Công ty Cổ phần Dược, Vật tư Y tế Quảng Ninh.

Một dự án khác do Viện Nghiên cứu Hải sản chủ trì thực hiện cũng được đánh giá rất cao là dự án "Sản xuất surimi và sản phẩm từ surimi mực đại dương". Ở nước ta, mực đại dương có sản lượng khai thác lớn, giá trị dinh dưỡng cao nhưng chỉ được bán dưới dạng nguyên liệu hoặc sơ chế thô nên đem lại giá trị không đáng kể, chỉ bằng 25-30% so với mực ống. Do đó, Viện đã phát triển và làm chủ công nghệ sản xuất surimi và các sản phẩm chế biến từ surimi mực (chả, xúc xích mực) nhằm giải quyết đáng kể đầu ra cho ngành khai thác mực đại dương theo hướng công nghiệp và thương mại hóa. Công nghệ hiện đã được chuyển giao cho Công ty Cổ phần Thực phẩm Cam Ranh (CARAFOODS). 

Ngoài ra, dựa trên những nguồn nguyên liệu dồi dào, có giá trị dinh dưỡng cao như cá tra, cá nóc, Viện còn nghiên cứu, ứng dụng công nghệ sinh học để phát triển các sản phẩm thực phẩm bổ sung như viên nang và syrup cá nóc giúp phục hồi sức khỏe người bệnh và trẻ suy dinh dưỡng. Các sản phẩm này đã được thử nghiệm công dụng và cho kết quả rất khả quan. 

Có thể thấy, công nghệ đóng vai trò quyết định đối với sự phát triển của ngành chế biến thủy sản. Tuy nhiên, theo TS. Trần Viết Nghĩa, tình trạng lạc hậu về công nghệ, trang thiết bị sản xuất vẫn còn tồn tại ở đa số các cơ sở sản xuất, đặc biệt là cơ sản sản xuất quy mô vừa và nhỏ. Trong khi đó, đầu tư cho công nghiệp chế biến cũng chưa tương xứng với tốc độ phát triển của ngành. Bên cạnh đó, hệ số đổi mới thiết bị của ngành trong những năm qua mới chỉ ở mức 7%/năm, chỉ bằng 1/2 - 1/3 so với các nước khác trong khu vực. Công nghiệp chế biến thuỷ sản còn dùng nhiều lao động, mức độ cơ giới hoá thấp, năng suất lao động chưa cao. Do đó, theo TS. Trần Viết Nghĩa, để các sản phẩm được thương mại thành công và "sống" trên thị trường đòi hỏi phải có sự đầu tư và nỗ lực từ phía các doanh nghiệp.