Tại tỉnh Sơn La, sản xuất nông nghiệp ngày nay không còn phụ thuộc quá nhiều vào sự sinh trưởng và phát triển tự nhiên. Bà con nông dân đã chủ động ứng dụng công nghệ sinh học trong việc lai tạo và đưa các loại giống mới vào sản xuất. Chủ động được nguồn cung theo nhu cầu thị trường, góp phần nâng cao giá trị, chất lượng sản phẩm nông nghiệp của địa phương.

Đột phá ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực cây trồng là sử dụng chất điều hòa sinh trưởng kết hợp với các biện pháp kỹ thuật để sản xuất trái vụ, rải vụ. Điển hình như các hợp tác xã nông nghiệp an toàn Chiềng Hặc, bản Văng Lùng, xã Chiềng Hặc, huyện Yên Châu; hợp tác xã Đảo Ngọc, xã Mường Bú, huyện Mường La; hợp tác xã xây dựng và nông nghiệp Bảo Khánh, xã Cò Nòi, huyện Mai Sơn…

Trong lĩnh vực trồng trọt hiện cũng có những bứt phá trong ứng dụng các giống mới như: Sắn các giống KM94, SC205, KM325 với ưu điểm là có khả năng kháng sâu bệnh hại, năng suất, hàm lượng tinh bột cao để phục vụ chế biến; các giống mía như Roc22, R579, Roc10, My554 được triển khai trồng thử nghiệm, giúp kéo dài thời gian thu hoạch. Đối với các loại cây ăn quả vừa thực hiện ghép cải tạo và đưa vào trồng mới các loại giống cải thiện chất lượng, năng suất, thích ứng với biến đổi khí hậu, chú trọng bảo tồn, lưu giữ và khai thác hợp lý nguồn gen quý hiếm đối với 91 giống cây ăn quả đầu dòng, 6 cây chè Shan khai thác 3.000 hom/năm và 6 vườn cao su khai thác gần 1,4 triệu mắt ghép/năm. Ứng dụng và sử dụng các chế phẩm sinh học đã giúp người nông dân diệt được côn trùng gây hại, giảm thiểu bệnh hại, tăng khả năng đề kháng bệnh của cây trồng và không ảnh hưởng đến môi trường. 

Trong lĩnh vực chăn nuôi đã ứng dụng công nghệ cấy chuyển phôi giống bò sữa thuần chủng tại Mộc Châu, phối giống nhân tạo cho hơn 7.000 lượt bò cái có kết quả bằng tinh của giống bò chất lượng cao Brahman; chăn nuôi công nghệ khép kín, tự động hóa toàn bộ hoặc một số khâu trong chăn nuôi trang trại tập trung, công nghiệp như chăn nuôi lợn giống, lợn siêu nạc thương phẩm tại Công ty cổ phần chăn nuôi Lộc Phát – BLLP, thành phố Sơn La; Công ty cổ phần chăn nuôi Minh Thúy, huyện Mai Sơn… 

Công nghệ sinh học còn được ứng dụng trong lĩnh vực thủy sản chọn lọc đàn cá bố mẹ, sản xuất cá giống bằng phương pháp đẻ vuốt và ấp trứng bằng bình vây, ứng dụng phương pháp lai xa hoặc sử dụng hóa chất để tạo giống đơn tính trong sản xuất cá giống, nhằm tạo ra con giống năng suất, chất lượng cao. Ứng dụng và mở rộng diện tích nuôi cá thâm canh, nuôi lồng, bè đối với cá chép, trắm cỏ, rô phi đơn tính, lăng, tầm... Tiêu biểu như Công ty TNHH MTV cá tầm Việt Nam - Sơn La thuộc Tập đoàn cá tầm Việt Nam, đến nay đã có gần 10 năm triển khai Dự án nuôi cá tầm trên lòng hồ thủy điện Sơn La. Ngoài sản xuất và cung cấp cá tầm thương phẩm, hiện Công ty đã sản xuất thành công giống cá tầm nước lạnh bằng phương pháp siêu âm trứng, ấp nở bằng phương pháp nhân tạo thành công.  

Ứng dụng công nghệ sinh học góp phần thúc đẩy phát triển nông nghiệp theo hướng bền vững. Thời gian tới, tỉnh tiếp tục mở rộng và nâng cao chất lượng đào tạo nguồn nhân lực; quy hoạch và đầu tư phát triển công nghiệp sinh học, có cơ chế chính sách, tăng cường quản lý nhà nước; có chính sách thu hút đa dạng hóa các nguồn đầu tư cho các sản phẩm công nghệ sinh học thiết yếu; tăng cường đầu tư và hoàn thiện phòng thí nghiệm; làm chủ các công nghệ tiên tiến; khuyến khích và hỗ trợ các hoạt động phổ biến, chuyển giao, ứng dụng các tiến bộ công nghệ sinh học. Đẩy mạnh liên kết 4 nhà “Nhà nước, nhà nông, nhà khoa học, nhà doanh nghiệp” trong quản lý, sản xuất, nghiên cứu khoa học và tìm đầu ra ổn định cho sản phẩm nông nghiệp.