Hiện nay nghề nuôi trồng thủy sản đang hướng tới phát triển bền vững và an toàn do đó việc sử dụng chế phẩm sinh học là hướng đi có ý nghĩa hết sức quan trọng nhằm bảo vệ môi trường và đảm bảo hiệu quả kinh tế trong quá trình sản xuất. Bởi vì men vi sinh có hai thành phần chính đó là vi khuẩn có lợi và các chất dinh dưỡng để nuôi vi khuẩn. Vi khuẩn có lợi được phân lập từ nhiều nguồn khác nhau. Chúng gồm các loài như Bacillus. sp, Nitrosomonas, Nitrobacter... Chất dinh dưỡng là các loại như đường, muối canxi, muối magiê…  men vi sinh có 02 dạng, dạng nước và dạng bột (hay dạng viên) và chúng thường có 2 loại, loại dùng để xử lý môi trường (loài vi khuẩn chính là  Bacillus. sp) và loại trộn vào thức ăn (loài vi khuẩn chính là  Lactobacillus).

Chính vì vậy trong nuôi trồng thủy sản nếu thường xuyên sử dụng men vi sinh sẽ mang lại những lợi ích vô cùng quan trọng sau:Làm ổn định chất lượng nước và nền đáy trong ao nuôi; Nâng cao sức khoẻ và sức đề kháng của thủy nuôi; Giảm thiểu ô nhiễm môi trường ao nuôi và xung quanh do nuôi thuỷ sản gây nên; Nâng cao hiệu quả sử dụng thức ăn trong quá trình nuôi.

Trong quá trình sử dụng men vi sinh các vi khuẩn có lợi sẽ hoạt động tích cực qua một hay nhiều cơ chế tác động: Cạnh tranh mạnh mẽ chất dinh dưỡng, năng lượng và giá thể với các loài vi khuẩn có hại khác và tảo độc; Chuyển hoá các chất hữu cơ như thức ăn dư, xác tảo, cặn bã thành CO₂ và nước; chuyển các khí độc như NH₃, NO₂ thành các chất không độc như NH4⁺, NO₃­^-; Hạn chế vi khuẩn có hại trong đường ruột và giúp chuyển hoá hiệu quả thức ăn; Tiết ra một số chất kháng sinh, enzyme để kìm hãm hay tiêu diệt mầm bệnh.

Bên cạnh đó khi sử dụng  men vi sinh sec có tác động không nhỏ đối với môi trường ao nuôi như: Ổn định pH (trong suốt quá trình nuôi pH chỉ dao động từ 8,0 – 8,2 ); Màu nước ổn định từ 25 - 35cm; Bùn đáy ao, lượng phân tôm, thức ăn thừa và các chất hữu cơ khác giảm 50% so với ao không sử dụng vi sinh định kỳ; Giảm Nitrite, Nitrate, giảm mùi hôi của các khí độc, kiểm soát hiệu quả sự kết váng trên bề mặt và bùn đáy ao, tạo môi trường ổn định.

Như vậy để men vi sinh phát huy hiệu quả cao, người nuôi thủy sản phải tuân thủ một số nguyên tắc dùng sau đây:

- Hoà loãng men vi sinh bằng nước trong ao nuôi, cho vào xô, thau, sau đó sục khí 4 - 5 giờ đến khi men có mùi chua hay pH giảm thì đem sử dụng.

- Sử dụng men vi sinh trong quá trình nuôi:đối với loại xử lý môi trường định kỳ 7 - 10 ngày/lần và luân phiên sử dụng 5 ngày, sau đó ngưng 5 ngày đối với loại trộn vào thức ăn. Sử dụng cùng lúc với bón phân gây màu nước hay sau khi nước đã lên màu.

- Liều lượng dùng phải theo đúng theo khuyến cáo của nhà sản xuất.

- Không được sử dụng men vi sinh cùng với các loại hoá chất có tính diệt khuẩn như BKC, thuốc tím, Chlorine, i-ốt, kháng sinh. Đồng thời, không được sử dụng men vi sinh khi các chất trên đang hiện diện trong môi trường nước hay trong cơ thể thủy sản nuôi.

- Trước khi sử dụng men vi sinh cần cải thiện môi trường ao nuôi bằng các biện pháp như thay nước, bón vôi nâng pH lên 7,5 - 8,5, bón vôi + Dolomite + Khoáng nâng cao độ kiềm.

- Khi môi trường ao nuôi có dấu hiệu hay đang suy giảm chất lượng như hàm lượng khí độc cao (NH₃, H₂S, NO₂…), nước nhiều cặn bã, chất lơ lửng, nước phát sáng thì men vi sinh được sử dụng sớm hơn so với thường ngày với liều lượng tăng gấp 2 lần so với khuyến cáo.