Thực phẩm hư hỏng có thể được định nghĩa là thực phẩm đã bị ôi thiu không đạt tiêu chuẩn để sử dụng. Các sản phẩm bánh, giống như nhiều thực phẩm chế biến có thể bị hư hỏng về vật lý, hóa học và vi sinh. Trong khi hư hỏng vật lý và hóa học làm hạn chế thời hạn sử dụng của các sản phẩm bánh có độ ầm thấp và trung bình, thì hư hỏng vi sinh bởi vi khuẩn, nấm men và nấm mốc là mối quan tâm trong các sản phẩm có độ ầm cao. Nhiều sản phẩm nướng được sản xuất công nghiệp từ quy trình nướng với bề mặt về cơ bản là vô trùng nhưng việc xử lý sau nướng có thể nhanh chóng dẫn đến ô nhiễm nấm, vi khuẩn do tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm trong không khí cũng như tiếp xúc với thiết bị. Đánh giá hiện tại này tập trung vào sự hư hỏng do vi sinh vật gây ra đối với các sản phẩm bánh và cách kiểm soát bằng chất bảo quản.

Các sản phẩm bánh từng được coi là chế độ ăn dành cho người ốm giờ đây đã trở thành mặt hàng thực phẩm thiết yếu của đại đa số dân chúng. Nguyên nhân do đô thị hóa, dẫn đến nhu cầu các sản phẩm tiện lợi với chi phí hợp lý tăng lên. Các sản phẩm bánh thường gặp các vấn đề hư hỏng. Chúng bao gồm hư hỏng vật lý, hóa học và vi sinh vật. Vì yếu tố phổ biến nhất của các sản phẩm bánh là nước nên thường gặp hư hỏng vi sinh, đặc biệt là sự phát triển của nấm mốc.

Bánh mì được sản xuất và xử lý đúng cách thường không đảm bảo độ ẩm để làm chậm sự phát triển của bất kỳ vi sinh vật nào trừ nấm mốc. Vì nhiệt độ nấu ăn bình thường phá hủy bào tử nấm, ô nhiễm sau quá trình từ bào tử trong không khí và tiếp xúc với bề mặt ô nhiễm phải được ngăn chặn. Các loại nấm sợi liên quan đến sự hư hỏng của bánh mì bao gồm Rhizopus sp., Mucor sp., Penicillium sp., Eurotium sp., Aspergillus sp. và Monilia sitophilia. Một trong những loại nấm phổ biến nhất là Rhizopus stolonifer, thường được gọi là mốc khuôn bánh mì. Bảo quản bánh mì trong điều kiện độ ẩm thấp làm chậm sự phát triển của nấm mốc. Ngoài những thiệt hại kinh tế liên quan đến các sản phẩm bánh, một mối quan tâm khác là khả năng xuất hiện độc tố nấm mốc. Chủng Eurotium thường là loại nấm đầu tiên xâm chiếm nước, Aspergillus và Penicillium có thể tạo ra độc tố để phát triển mạnh. Thiệt hại của các sản phẩm bánh do nấm mốc khuôn thay đổi từ 1-5% tùy theo mùa, loại sản phẩm và phương pháp chế biến.

Bánh mì hay bị mốc vào mùa hè khi điều kiện khí hậu thuận lợi cho sự phát triển của vi khuẩn. Nấm mốc chủ yếu gây ra bởi Bacillus subtilis nhưng Bacillus licheniformis, Bacillus magaterium và Bacillus cereus cũng là nguyên nhân. Tỷ lệ hư hỏng bánh mì do Bacillus gây ra đã tăng lên trong vài năm qua có lẽ là do nhiều bánh mì được sản xuất mà không có chất bảo quản và thường là nguyên liệu thô như cám và hạt. Bánh mì hỏng có thể gây nguy cơ cho sức khỏe, số lượng lớn Bacillus subtilis và Bacillus licheniformis trong thực phẩm có thể gây ra một dạng bệnh nhẹ về thực phẩm.

Sự ổn định của các sản phẩm bánh chống lại sự tấn công của nấm chủ yếu là do chất bảo quản. Chất bảo quản giúp giảm hoặc ngăn ngừa lãng phí thực phẩm thông qua sự hư hỏng do vi sinh vật gây ra, chất bảo quản hóa học có thể kiểm soát sự phát triển của nấm mốc bằng cách ngăn chặn quá trình trao đổi chất, làm biến tính protein của tế bào hoặc gây tổn thương vật lý cho màng tế bào. Thời hạn sử dụng lâu hơn cho phép giữ nhiều loại sản phẩm hơn trong cửa hàng và trong nhà. Trong số các chất bảo quản này có axit propionic và axit sorbic hoặc muối đã được chứng minh là làm tăng thời hạn sử dụng của các sản phẩm bánh. Axit propionic và canxi propionate thường được sử dụng ở nồng độ 0,1 và 0,2% tương ứng. ở các cấp độ này, nấm mốc có thể bị ức chế trong 2 ngày trở lên. Axit Sorbic có hiệu quả để kiểm soát sự phát triển của nấm mốc trong các sản phẩm bánh ở mức 0,125% đến 0,3%. Các vấn đề gây ra nấm men hư hỏng ở bánh mì thường là do ô nhiễm sau khi nướng, máy cắt lát, làm mát bánh mì, băng tải và giá. Có thể nhìn thấy rõ nấm men trên bề mặt sản phẩm. Nấm men thường xuyên và rắc rối nhất là Pichia butonii, được biết đến với tên gọi Phấn rôm mốc. Nấm men này có thể nhân lên nhanh chóng trên bánh mì.

Vi khuẩn có khả năng gây ô nhiễm cho các sản phẩm nướng mặc dù sự tăng trưởng của chúng bị hạn chế hơn do ít nước và độ pH thấp. Các bào tử của Bacillus subtilis có khả năng chịu nhiệt, 55% vẫn hoạt động sau 20 phút ở 65°c. Vi sinh vật này, hiện diện trong các thành phần thô, ví dụ, bột, đường và men. Vi khuẩn dạng dây có thể phát triển rất nhanh trong điều kiện ấm và ẩm ướt. Một nguồn gây Bacillus chủ yếu là từ độ tươi quyết định đến mức độ hấp dẫn của các sản phẩm bánh mì và dự kiến là yếu tố thúc đẩy mua sản phẩm bánh mì.

Staphylococcus aureus là một loại vi khuẩn làm hư hỏng các nguyên liệu kẹp trong bánh. Vi sinh vật này cũng liên quan đến sự bùng phát ngộ độc thực phẩm từ các sản phẩm bánh chứa đầy kem. Các thành phần kẹp trong bánh khác, chẳng hạn như sô cô la, dừa nạo sấy và bột ca cao đã bị phát hiện nhiễm Salmonella. Ví dụ, pizza đông lạnh bị ảnh hưởng đáng kể bởi Salmonella typhimurium.

Vấn đề nấm men xảy ra trong các sản phẩm bánh. Nấm men hoang dã bao gồm Trichosporon, Saccharomyces, Pichia và Zygosaccharomyces. Saccaromyces sp. làm xuất hiện các đốm trắng trong bánh mì hay còn gọi là bánh mì phấn. Các vấn đề về men trong các sản phẩm bánh có thể được chia thành hai loại: (a) nấm men có thể nhìn thấy mọc trên bề mặt bánh mì trong các mảng trắng hoặc hồng và, (b) hư hỏng lên men với mùi rượu và tinh chất và do đó nấm men thẩm thấu. Nấm men, gây hư hỏng bề mặt của bánh mì, chủ yếu là Pichia burtonii ("Phấn khuôn"). Bánh nhiễm nấm men thẩm thấu thường do các dụng cụ và thiết bị bị bẩn. Do đó, duy trì thực hành sản xuất tốt sẽ giảm thiểu ô nhiễm bởi nấm men thẩm thấu.

Hư hỏng do nấm mốc là một vấn đề nghiêm trọng và tốn kém đối với các tiệm bánh và sử dụng chất bảo quản là một biện pháp hấp dẫn để làm giảm sự hư hỏng và đảm bảo an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, người tiêu dùng ngày nay không ủng hộ các chất phụ gia như chất bảo quản và mong muốn giảm số lượng sử dụng tồn tại trong ngành công nghiệp bánh mì. Tổn thất của sản phẩm do nấm mốc là từ 1 đến 5 phần trăm tùy thuộc vào loại sản phẩm, mùa vụ và phương pháp chế biến. Các bào tử nấm mốc thường bị tiêu diệt bởi quá trình nướng trong bánh mì tươi và các sản phẩm nướng khác . Do đó, bánh mì bị mốc thường do ô nhiễm từ không khí, bề mặt bánh, thiết bị, xử lý thực phẩm hoặc nguyên liệu thô sau khi nướng, trong quá trình làm lạnh, cắt hoặc đóng gói. Điều này có nghĩa là tất cả các vấn đề hư hỏng do nấm mốc phải xảy ra sau khi nướng, số lượng bào tử nấm mốc cao hơn trong những tháng mùa hè so với mùa đông do ô nhiễm trong không khí khi thời tiết ấm hơn và điều kiện bảo quản ẩm hơn. Hơn nữa, ngưng tụ hơi ẩm trên bề mặt sản phẩm, do bao bì trước khi được làm mát hoàn toàn, có thể dẫn đến sự phát triển của nấm mốc. Hư hỏng nấm mốc gây ra mùi không mong muốn và thường được tìm thấy trên bề mặt sản phẩm. Các loại nấm mốc phổ biến nhất được tìm thấy trong các sản phẩm bánh là: Rhizopus sp., Aspergillus sp., Penicillium sp., Monilia sp., Mucor sp. và Eurotium sp.