Trong 13 năm thực hiện, hầu hết các nhiệm vụ khoa học và công nghệ của Đề án đã được triển khai theo định hướng nghiên cứu ứng dụng, các công nghệ đạt trình độ các nước tiên tiến trong khu vực, thậm chí một số lĩnh vực đạt trình độ các nước phát triển trên thế giới như công nghệ sản xuất đường chức năng isomaltolose, enzyme xylanase, v.v... Trong đó, nhiều công trình nghiên cứu đã đạt được nhiều thành công trong việc ứng dụng các công nghệ vi sinh, công nghệ enzyme, protein để sản xuất, chế biến thực phẩm như: các chế phẩm vi sinh phục vụ công nghiệp chế biến thức ăn chăn nuôi, nguyên liệu hoá dược, sản phẩm phục vụ công nghiệp chế biến hàng tiêu dùng.

Giai đoạn này, Bộ Công Thương luôn đặt doanh nghiệp với vai trò trung tâm tiếp nhận các nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất tại doanh nghiệp và sản xuất tạo sản phẩm. Đáng chú ý, riêng trong giai đoạn 2016 - 2018, 100% các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đều có doanh nghiệp chủ trì hoặc phối hợp. Một số nhiệm vụ bước đầu đã được triển khai theo chuỗi từ nghiên cứu công nghệ đến sản xuất sản phẩm và thương mại hóa trên thị trường, ghi nhận được nhiều tín hiệu tích cực từ người tiêu dùng về chất lượng, sự ổn định của sản phẩm, đẩy mạnh hợp tác, gắn kết chặt chẽ giữa nhà khoa học, tổ chức khoa học và công nghệ với doanh nghiệp, từ đó thúc đẩy và phát triển sản phẩm nội địa từ chính các nghiên cứu trong nước, nâng cao giá trị gia tăng của công nghiệp chế biến.

Nhiều kết quả nghiên cứu đã vinh dự được được trao các giải thưởng cao quý về khoa học và công nghệ, tiêu biểu như công trình “Nghiên cứu tách chiết peptit mạch ngắn có hoạt tính sinh học để sản xuất thực phẩm chức năng dùng cho bộ đội làm nhiệm vụ đặc biệt” do TS. Phạm Kiên Cường và các cộng sự tại Viện Công nghệ mới, Viện Khoa học và Công nghệ Quân sự, Bộ Quốc phòng thực hiện, đã được trao giải VIFOTEC năm 2020, đồng thời đã được vinh danh trong Sách vàng Sáng tạo Việt Nam 2021.

Đáng chú ý, thông qua các nhiệm vụ khoa học và công nghệ thuộc Đề án, nhiều sản phẩm mới có chất lượng tốt, giá thành cạnh tranh so với giá sản phẩm nhập ngoại cùng loại, bước đầu đã chiếm lĩnh được thị trường tiêu dùng Việt Nam như các sản phẩm: thực phẩm chức năng hỗ trợ phòng và điều trị bệnh ung thư, các bệnh nhiễm HIV/AIDS, viêm gan (Spobio Immunobran Kid, Spobio Immunobran) do Công ty Cổ phần ANABIO R&D nghiên cứu, sản xuất từ cám gạo Việt Nam.

Bên cạnh đó là sản phẩm isoflavon hỗ trợ điều trị rối loạn mỡ máu, tim mạch, điều hoà hoócmon từ đậu tương do Công ty Cổ phần Thực phẩm Quốc tế chủ trì sản xuất với giá thành chỉ bằng 60 - 70 % so với sản phẩm nhập ngoại. Hay các sản phẩm surimi và một số sản phẩm từ surimi do Công ty Seaprodex Hải Phòng tiếp nhận công nghệ và sản xuất, đã đem lại lợi nhuận khoảng trên 5,0 tỷ đồng/năm cho 1 dây chuyền 1.000 tấn năm.

Cùng với đó là sản phẩm thực phẩm lên men từ thịt bò, thịt lợn được Công ty Đức Việt tiếp nhận công nghệ và sản xuất với quy mô hàng nghìn tấn/năm đã góp phần giảm giá thành sản phẩm từ 30 - 50% so với giá thành sản phẩm cùng loại nhập khẩu từ nước ngoài; sản xuất thức ăn nuôi cá chình do Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 3 thực hiện với quy mô sản xuất sản phẩm 1.000 tấn/năm đã được đưa vào nuôi cá chình tại Công ty TNHH Nuôi trồng Thủy sản Vạn Xuân có giá thấp hơn từ 23%, lợi nhuận đạt 1,75 tỷ đồng/năm.

Ngoài ra, nghiên cứu các công nghệ sạch góp phần giải quyết các “vấn nạn” ô nhiễm môi trường từ các phụ phẩm trong quá trình chế biến tôm tại vùng đồng bằng sông Cửu Long, tạo ra các sản phẩm thực phẩm (bột tôm, gia vị bổ sung bột tôm, nước mắm), thức ăn chăn nuôi, chất dẫn dụ cho thức ăn thủy sản có giá trị kinh tế cao từ nguyên liệu đầu, vỏ tôm và cá cơm bằng quy trình khép kín tại Công ty TNHH MTV Sản xuất TM-DV Ðại Phát, các sản phẩm của Công ty được bán rộng rãi trên thị trường, đạt doanh thu hàng trăm tỷ đồng/năm.

Có thể khẳng định, việc ứng dụng công nghệ sinh học đã góp phần không nhỏ trong việc đa dạng hóa sản phẩm, tạo ra nhiều sản phẩm mới có giá trị từ những phụ phẩnm phế phẩm giá trị thấp hoặc không có giá trị. Đối với Đề án phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực công nghiệp chế biến đến năm 2020 nói riêng, các kết quả của Đề án đã góp phần không nhỏ trong việc đa dạng hóa các sản phẩm đầu ra, tạo ra nhiều sản phẩm mới có giá trị gia tăng cao từ các nguyên liệu chủ lực của Việt Nam và bằng chính các công nghệ được nghiên cứu trong nước. Bên cạnh đó, thông qua các nhiệm vụ thuộc Đề án do các doanh nghiệp chủ trì thực hiện đã tạo ra số lượng lớn công ăn việc làm cho người lao động, góp phần không nhỏ vào công tác an sinh xã hội.